Khi cha của Pacorus II qua đời vào năm 51, người anh trai của ông Vologases I đã kế vị cha của họ làm vua đế quốc Parthia. Vologases I ban vương quốc Atropatene cho Pacorus II, ông đã trị vì nó từ năm 51 tới năm 78. Có ít thông tin về triều đại của ông ngoại trừ sự kiện diễn ra vào năm 72, một nhóm người Alans đã xâm lược vương quốc của ông và buộc ông bỏ chạy đến vùng núi. Người Alans sau khi giành được rất nhiều chiến lợi phẩm từ việc cướp bóc Atropatene và các quốc gia xung quanh chẳng hạn như Armenia, đã nhanh chóng rút về khu vực thảo nguyên của họ ở Bắc Caucasus. Pacorus ngay sau đó đã quay trở về Atropatene.

Sau khi Vologases I qua đời, Pacorus II đã nổi loạn chống lại người cháu họ Vologases II (khoảng năm 78–80) người đã kế vị cha của mình. Sau khi Pacorus II đánh bại Vologases II, ông đã lật đổ ông ta.